Сюжет
После уничтожения корабля главного героя, Нормандии, неопознанным кораблем, организация Цербер запускает проект Лазарь с целью воскрешения капитана Шепарда. Восстановление длится чуть более 2 лет, все это время Шепард находится в коме. После неожиданного и несвоевременного пробуждения, Шепард встречается с загадочным руководителем Цербера - Призраком. Все то время, что капитан находился в коме, человеческие колонии исчезали без следа. Призрак предлагает капитану Шепарду взяться за это дело: расследовать исчезновения колонистов. В процессе расследования выясняется, что за таинственными похищениями стоят коллекционеры.
Цербер предоставляет капитану новый корабль - улучшенную Нормандию, путешествуя на котором, игроку предстоит собрать новую команду. В ходе миссии по спасению человечества капитану Шепарду предстоит побывать во множестве знакомых, а также совершенно незнакомых уголках Галактики.